Xưa kia, Sán Đầu là một làng chài thuộc thành Đà Giang (鮀江都), huyện Kiết /Yết Dương (揭陽縣) thời nhà Tống và Hạ Lĩnh (廈嶺) thời nhà Nguyên. Năm 1563, Sán Đầu là một phần của huyện Trừng Hải (澄海縣) của châu Triều Châu. Vào 1574, Sán Đầu được gọi là Sa Sán Bình (沙汕坪) và vào thế kỷ 17, một pháo đài có tên gọi Pháo đài Sa Sán Đầu (沙汕頭炮臺) được xây ở đây. Và tên gọi khu vực này được rút ngắn thành "Sán Đầu".

Sán Đầu trở thành thành phố năm 1919 và được tách ra khỏi Trừng Hải năm 1921. Vào thời kỳ 1930, số lượng hàng hóa thông qua Sán Đầu xếp thứ ba của Trung Hoa và sự thịnh vượng kinh doanh xếp thứ 7. Đây đã là trung tâm phân phối hàng hóa cho đông nam Trung Quốc. Là một thành phố cấp cao, Sán Đầu quản lý thành phố Triều Châu trong thời kỳ 1983 đến 1989.